Proposal for metabolic flux pathways comparison - (:unkn) unknown (Editorial Tecnológica de Costa Rica (entidad editora), 2026)
Propuesta para la comparación de flujos metabólicos
Metabolic flux pathway analysis can provide important information for a better understanding of life and all its processes directly benefiting areas like medicine, agronomy, pharmacy and others alike. Some of the main tools used to study and analyze metabolic pathways have been based on the idea of pathway comparison, using graph data structures. Some of those tasks are considered hard computational problems. On the other hand, those comparisons have not yet taken into consideration the metabolic flux as part of the pathway or metabolic process. It means, to consider how much of a metabolite passes through a reaction system over time. We propose here a simple way to compare metabolic pathways using its related flux information by a simple metabolic pathway comparison method introduced in 2017 and adjusting it to weighted graphs. The algorithms analyze the associated weighted graphs of metabolic flux pathways and provide a fast scoring of its flux similarities in the first place and a list of similarities and differences between the given flux pathways, listed as pathways. We provide some insights into the analysis follow to get a good score system when comparing metabolic pathways related weighted graphs in a low-cost computation.
El análisis de flujos metabólicos puede proporcionar información importante para una mejor comprensión de la vida y todos sus procesos, beneficiando directamente a áreas como la medicina, la agronomía, la farmacia y otras. Algunas de las principales herramientas utilizadas para estudiar y analizar las rutas metabólicas se han basado en la idea de la comparación de rutas metabólicas, utilizando estructuras de datos como grafos. Algunas de esas tareas se consideran problemas computacionales difíciles. Por otro lado, esas comparaciones aún no han tenido en cuenta el flujo metabólico como parte de la vía o proceso metabólico. Es decir, considerar cuánta cantidad de un metabolito pasa a través de un sistema de reacción con el tiempo. Proponemos aquí una forma simple de comparar rutas metabólicas utilizando su información de flujo relacionada mediante un método simple de comparación de rutas metabólicas introducido en 2017 y ajustándolo a grafos ponderados. Los algoritmos analizan los grafos ponderados asociados de las rutas de flujo metabólico y proporcionan una puntuación rápida de sus similitudes de flujo en primer lugar y una lista de similitudes y diferencias entre las rutas de flujo dadas, enumeradas como rutas. Proporcionamos algunas ideas sobre el análisis a continuación para obtener un buen sistema de puntuación al comparar grafos ponderados relacionados con las rutas metabólicas en un cálculo de bajo costo.
Keywords: Graph traversal; weighted graphs; Needleman-Wunsch algorithm; global alignment; Smith-Waterman algorithm; local alignment.; grafos ponderados; algoritmo Needleman-Wunsch; alineamiento global; algoritmo Smith-Waterman; alineamiento local; Recorrido de grafos