Análisis filogenético para individuos de Ocotea monteverdensis W. C. Burger (Lauraceae) en dos sitios de Costa Rica - Estrada-Porras, Cristina (Instituto Tecnológico de Costa Rica, 2024)
Ocotea monteverdensis es una especie endémica poco estudiada de Costa Rica, catalogada como en peligro crítico de extinción debido a la fragmentación del bosque y su reducido tamaño poblacional. Aunque su distribución se concentra principalmente en la Vertiente del Pacífico de la Cordillera de Tilarán, se han registrado individuos en otras áreas del país. Los estudios filogenéticos son una herramienta fundamental en biología evolutiva y sistemática para entender la historia de evolución y las relaciones de parentesco entre especies. En este estudio, se realizó un análisis filogenético basado en el gen matK e ITS de individuos de O. monteverdensis recolectados en dos sitios de Costa Rica. Los resultados revelaron una topología poco discriminativa en los árboles filogenéticos del gen matK, pero permitieron establecer relaciones de parentesco con otras especies de la familia Lauracea y determinar relaciones filogenéticas estrechas entre los individuos de O. monteverdensis de ambos sitios; la secuenciación de las muestras amplificadas con ITS no fue exitosa. La variabilidad nucleotídica obtenida fue baja (π = 0,0415), sugiriendo una escasa diferenciación genética entre las muestras, haciendo imperativo el desarrollar estrategias de conservación de la especie dada esta baja variabilidad genética. Asimismo, se demostró que su población sigue un modelo neutral de evolución. Se sugiere la exploración de otras regiones de ADN para mejorar la precisión de los análisis filogenéticos en la especie.

Ocotea monteverdensis is a little-studied endemic species of Costa Rica, classified as critically endangered due to forest fragmentation and its small population size. Although its distribution is mainly concentrated in the Pacific slope of the Cordillera de Tilarán, individuals have been recorded in other areas of the country. Phylogenetic studies are fundamental tools in evolutionary and systematic biology to understand the developmental history and kinship relationships between species. In this study, a phylogenetic analysis based on the matK and ITS gene was performed on individuals of O. monteverdensis collected from two sites in Costa Rica. The results revealed a poorly discriminative topology in the phylogenetic trees of the matK gene but allowed establishing kinship relationships with other species of the Lauracea family and determining close phylogenetic relationships between individuals of O. monteverdensis from both sites; the sequencing of the samples amplified with ITS was not successful. The nucleotide variability obtained was low (π = 0.0415), suggesting little genetic differentiation between samples, making it imperative to develop conservation strategies for the species given this low genetic variability. Furthermore, it was shown that its population follows a neutral model of evolution. Exploration of other DNA regions is suggested to improve the accuracy of phylogenetic analyses.
Proyecto de Graduación (Licenciatura en Ingeniería Forestal con Énfasis en Manejo y Producción Forestal) Instituto Tecnológico de Costa Rica, Escuela de Ingeniería Forestal, 2024.
Esta tesis cumple con el objetivo ODS 15: proteger, restablecer y promover el uso sostenible de los ecosistemas terrestres, gestionar sosteniblemente los bosques, luchar contra la desertificación, detener e invertir la degradación de las tierras y detener la pérdida de la biodiversidad. Meta 5: adoptar medidas urgentes y significativas para reducir la degradación de los hábitats naturales, detener la pérdida de la diversidad biológica y, para el año 2020, proteger las especies amenazadas y evitar su extinción.
Keywords: Ocotea monteverdensis; Filogenia; MatK; Diversidad genética; Filogenética; Estrategia de conservación; Fragmentación -- Bosques; Árboles filogenéticos; Polifenoles -- Polisacáridos; Phylogeny; Genetic diversity; Phylogenetics; Conservation strategy; Fragmentation -- Forests; Phylogenetic trees; Polyphenols -- Polysaccharides; Research Subject Categories::FORESTRY, AGRICULTURAL SCIENCES and LANDSCAPE PLANNING