A Biocomputational Platform for Template-based Protein-protein Docking - (:unkn) unknown (Editorial Tecnológica de Costa Rica (entidad editora), 2026)
Plataforma computacional de acoplamiento de proteínas basado en plantillas
We propose the creation of a Biocomputational Platform for template-based protein-protein docking that aims reduce computational time by clustering data before the rigid body alignment. Using data from the Dockground project, models will be created using multiple clustering methods that will annotated each protein into a class, such that when performing the match search, not all of the databank needs to be inspected but just the class that resembles the most to the studied protein. This will reduce the time that conformation matching requires without incurring in lower precision.
Se propone la creación de una Plataforma Biocomputacional para el acoplamiento de proteínas que reduce el tiempo computacional al agrupar los datos previo al alineamiento de cuerpos rígidos. Utilizando datos del proyecto Dockground, se crearán modelos usando múltiples métodos de agrupación que asignarán cada proteína a un grupo para que, al realizar la búsqueda de pares, no se realice una búsqueda a fuerza bruta, sino una acotada. Esto reducirá el tiempo que requiere una conformación en ser procesada sin perder precisión.
Keywords: Clustering; protein-protein docking; template-based docking; HPC; Agrupamiento; acoplamiento de proteínas; Acoplamiento basado en plantillas; HPC