Comparación de genes de arn ribosomal 18s de tres cepas del género euglena: e. Pailasensis, e. Mutabilis cpcc293 y una euglena encontrada en un riachuelo ácido del Parque Nacional Volcán Rincón de la Vieja - Cruz-Madrigal, José Pablo (Instituto Tecnológico de Costa Rica, 2012)
En el Parque Nacional Volcán Rincón de la Vieja se encuentran al menos dos ambientes de extrema acidez colonizados por organismos del género Euglena. Este trabajo procura estimar la relación filogenética que existe entre tres cepas de este género, dos aisladas de distintos ambientes ácidos del Parque Nacional (E. pailasensis y una cepa proveniente de un riachuelo ácido) y una proveniente de una colección, mediante la comparación de genes de ARN ribosomal 18S. Para ello se realizó una extracción de ADN de cada cepa, seguida de una amplificación por PCR y posterior secuenciación. Las secuencias fueron comparadas contra las de las bases de datos del GenBank y se alinearon aquellas con mayor grado de identidad. A partir del alineamiento se construyeron filogramas que agruparon las cepas según su parentesco. Como resultado se obtuvo ADN genómico de buena calidad, el cual fue amplificado con éxito. Esto permitió obtener secuencias legibles y traslapantes que fueron ensambladas para secuenciar la mayor parte del gen. El alineamiento de las secuencias mostró que E. pailasensis y la nueva cepa del riachuelo ácido corresponden a la misma especie. Se construyó un árbol de unión de vecinos y uno de probabilidad máxima con topologías casi idénticas, que parecen indicar que las cepas aisladas del Parque Nacional Volcán Rincón de la Vieja no corresponden a una nueva especie como fue descrito en estudios anteriores, pues no se observa una clara distinción con respecto a E. mutabilis

At least two extreme acid environments colonized by organisms belonging to the Euglena genus can be found in Volcán Rincón de la Vieja National Park. This research makes an attempt to estimate the phylogenetic relationship between three strains from this genus by comparison of the 18S ribosomal RNA genes. Two of this strains were isolated from different acid environments from the National Park (E. pailasensis and one strain isolated from an acid stream), and the last one was obtained from a collection. For the purpose, a DNA extraction was performed on each strain, followed by amplification by PCR and sequencing. The sequences were compared against the GenBank databases and the ones with higher identity were used for the alignment, from which phylograms grouping the strains were constructed. As a result, good quality genomic DNA was obtained and successfully amplified. This allowed the production of legible and overlapping sequences, which were assembled up to most part of the gene. The alignment showed that E. pailasensis and the new strain from the acid stream belong to the same species. Neighbor joining and maximum likelihood trees with almost identical topologies were constructed, and seem to indicate that the strains isolated from Volcán Rincón de la Vieja National Park do not belong to a new species as described in previous research, since no clear distinction with E. mutabilis can be observed.
Proyecto de Graduación (Bachillerato en Ingeniería en Biotecnología) Instituto Tecnológico de Costa Rica, Escuela de Biología, 2012.
Keywords: Genética forestal; Árboles; ADN; Parques nacionales; Volcanes