Búsqueda de Genes de Uña de Gato (Uncaria tomentosa) mediante diseño bioinformático de primers basados en los datos obtenidos por microarreglos heterólogos de Arabidopsis thaliana, (II parte). - Hernández-Soto, Alejandro; Valerín-Berrocal, Karla; García-Gómez, David; Ceballos-Valenciano, Silver; Chaverri-Juarez, Alddo; Villalta-Villalobos, Jimmy Gerardo; Miranda-Durán, Sofía; Thomsen-Chumpitasi, Claudia; Morales-Chinchilla, Josue; Obando-Coronado, Mariel (Instituto Tecnológico de Costa Rica, 2014)
Debido a la importancia medicinal de Uncaria tomentosa, se han realizado varias investigaciones referentes a la producción de metabolitos secundarios de dicha planta. Con base a esto surge la necesidad de identificar a nivel genético secuencias que estuvieran relacionadas con metabolismo secundario. Gracias a un proyecto previo se contaba con mucha información que podía ser utilizada para identificar más secuencias de importancia por lo que se planteó este proyecto con el objetivo de obtener secuencias de genes de Uncaria tomentosa mediante diseño bioinformático de imprimadores basados en los datos obtenidos por microarreglos heterólogos de Arabidopsis thaliana. Para lograr los objetivos planteados, se desarrolló un software con el que se puede analizar la información obtenida mediante microarreglos de una forma más eficiente. Por otro lado, se obtuvo el transcriptoma a partir de muestras de ARN y los resultados obtenidos fueron analizados con la herramienta CLC Bio, complementando con otras como Blastx, Primer 3 y BioEdit. Con la información obtenida se diseñaron 4 pares de imprimadores para enzimas de metabolismo secundario y 2 pares de imprimadores para genes constitutivos. Con todos los imprimadores se obtuvieron amplicones que fueron secuenciados a través de la empresa Macrogen. Además, con los datos obtenidos del transcriptoma se elaboró una tabla con posibles secuencias genómicas de U. tomentosa, utilizando el software CLC Bio. Paralelamente se realizaron pruebas de elicitación en plantas in vitro y de invernadero utilizando los hongos Trichoderma sp y Penicillium sp para determinar si el estrés inducido por la presencia de estos microorganismos podría incrementar la producción de metabolitos secundarios. Se realizó una cromatografía de capa fina que parecía indicar que el estrés al que el hongo Trichoderma sp somete a la planta podría estimular la producción de metabolitos secundarios. Como producto de este proyecto, se cuenta con 4 posibles secuencias parciales de genes presentes en el ADN genómico de U. tomentosa que codifican para enzimas de metabolismo secundario así como los imprimadores respectivos para amplificarlos, además de dos pares de imprimadores para posibles genes constitutivos. Por otro lado, se facilitó el manejo de grandes bases de datos como la generada por microarreglos mediante el software E-Pathway. Se cuenta con el transcriptoma analizado y con un manual que servirá de guía para trabajar con los datos generados a partir de transcriptomas de otras especies. Además de 81 posibles secuencias genómicas de U. tomentosa.
Proyecto de Investigación (Código: 5401-1510-9801) Instituto Tecnológico de Costa Rica. Vicerrectoría de Investigación y Extensión (VIE). Escuela de Biología. Centro de Investigación en Biotecnología (CIB), 2014.
Keywords: Uncaria; Metabolismo secundario; Imprimadores; Transcriptoma; Penicillium sp