In Costa Rica, producing wood in pure plantations has become less competitive compared to other land uses. Establishing timber species through agroforestry production systems emerges as an alternative to make forestry a profitable activity. Mahogany has been proven in a wide variety of agroforestry systems. The identification and use of genetically superior material for different places or areas contributes to significantly increase the growth rates and the quality of the generated products. The objective of the present investigation was to select clones that register superior performance in two evaluated conditions, with the consequent increase in yields per unit area. Two clonal trials of mahogany under different site conditions were evaluated at three years of age, to select the genotypes with the best performance in total volume. At site Venecia, average growth in dbh for the clonal set was 9.3 cm*tree-1, which represents a MAI of 3.1 cm*tree-1*year-1 at 36 months of age. Clones 3, 98, 1, 78, 52 and 5 were identified to continue in the genetic improvement program for this site. Their use would generate an average volume at 36 months of 0.0399 m3*arb-1. At site Santa Lucía, a MAI of 1.8 cm*tree-1*year-1 was recorded, 58 % lower than site Venecia. Clones 96, 21 and 57 were identified to remain in the breeding program. The remaining clones should be discarded for commercial reforestation, but kept in germplasm banks for future purposes.En Costa Rica, producir madera en plantaciones puras se ha vuelto poco competitivo frente a otros usos de la tierra. Establecer especies maderables mediante sistemas de producción agroforestal surge como una alternativa para rentabilizar la actividad. La caoba ha sido comprobada como una opción real para gran variedad de sistemas agroforestales. La identificación y uso de material genéticamente superior para diversos lugares o zonas contribuye a incrementar significativamente las tasas de crecimiento y la calidad de los productos generados. El objetivo de la presente investigación fue seleccionar clones que registraran desempeño superior en dos condiciones evaluadas, con el consecuente incremento en los rendimientos por unidad de área. Se evaluaron dos ensayos clonales de caoba de tres años de edad en condiciones de sitio distintas, con el fin de elegir los genotipos con el mejor desempeño en volumen total. En el sitio Venecia se registró un crecimiento promedio en DAP para el conjunto clonal de 9,3 cm*árb-1, lo que representa un IMA de 3,1 cm*árb-1*año-1 a los 36 meses. Los clones 3, 98, 1, 78, 52 y 5 fueron seleccionados para continuar en mejoramiento genético para este sitio. Su uso generaría un volumen promedio a los 36 meses de 0,0399 m3*árb-1. En el sitio Santa Lucía se registró un IMA en DAP de 1,8 cm*árb-1*año-1, 58 % menor al sitio Venecia. Se identificaron los clones 96, 21 y 57 para permanecer en el programa de mejoramiento. Los restantes clones deberían descartarse para reforestación comercial, pero conservarse en bancos de germoplasma para objetivos futuros.