Optimización del protocolo de extracción de ADN de Mycosphaerella fijiensis

Abstract

Costa Rica constituye uno de los mayores productores de banano a nivel internacional, sin embargo la empresa bananera ha venido decayendo en los últimos años producto de las inmumerables plagas, el surgimiento de nuevas enfermedades, las trabas arancelarias y no arancelarias, factores que han aumentado los costos de producción. Una de las mayores plagas que afecta el cultivo del banano en Costa Rica corresponde a la enfermedad causado por el hongo ascomicete Mycosphaerella fijiensis, llamada Sigatoka Negra. En el presente trabajo se muestra la optimización del protocolo de extracción de ADN de Mycosphaerella fijiensis. En la investigación se evaluaron tres tratamientos de cultivo distintos (medio de cultivo sólido, medio de cultivo sólido con filtro y medio de cultivo líquido), seis cantidades de buffer de extracción (900 μl con carbón activado, 900 μl sin carbón activado, 300 μl, 600 μl, 1200 μl y 1500 μl) y la validación del uso del carbón activado durante el proceso de extracción de ADN para mejorar la amplificación de las pruebas moleculares. También se evaluó el rendimiento en la producción de biomasa del hongo de los tratamientos de cultivo empleados. De los tratamientos que se evaluaron el que mejores resultados mostró fue el tratamiento con medio de cultivo líquido con la cantidad de 300 μl de buffer de extracción. Por medio de las pruebas de amplificación se pudo demostrar que el uso de carbón activado durante el proceso de extracción mejora significativamente los resultados que se obtienen. En la prueba de rendimiento en la producción de biomasa se obtuvo que el medio semisólido con filtro, así como el medio de cultivo líquido producen mayor cantidad de micelio.

Costa Rica is one of the biggest producers of banana, but the banana production has decreased in the last years because of the endless pests, the appearance of new sicknesses, arancels and no arancels blocks, factors that have increased the production costs. One of the biggest pest that affects the banana culture in Costa Rica is the sickness caused by the ascomicet fungus Mycosphaerella fijiensis, named Sigatoka Negra. The present job shows the optimization of the protocol of DNA extraction of Mycosphaerella fijiensis. In the research three treatment of different mediums were evaluated (solid medium, solid medium with filter and liquid medium), six different quantities of extraction buffer (900 µl with activated charcoal, 900 µl with out activated charcoal, 300 µl, 600 µl, 1200 µl y 1500 µl) and the validation of the use of activated charcoal during the DNA extraction process in order to improve the results of the amplification in the molecular probes. Also the investigation evaluated the production of biomass of the fungus of the three treatments tested. Of the treatments evaluated the one that showed the best results was the treatment with liquid medium with the quantity of 300 µl of extraction buffer. By the results obtained in the amplification tests we demonstrated that the usage of activated charcoal during DNA extraction improves the results that can be obtain. In the test that evaluated the production of biomass of the fungus the treatment with liquid medium and the treatment with solid medium plus filter produced the high quantity of mycelium.