Se utilizaron los marcadores AFLP para estudiar las relaciones genéticas de una colección de 29 clones de Gmelina arborea (Roxb) (melina) pertenecientes a un programa de mejoramiento genético con esta especie en la zona sur de Costa Rica. Estos clones fueron seleccionados con base en sus altos índices de crecimiento y calidad. Tres combinaciones de imprimadores (ACG/CTC, ACT/CTC y AGC/CTC) fueron utilizadas para generar los marcadores. Fueron seleccionados con base en tres umbrales de detección (75, 135 y 200) de intensidad de fluorescencia de los fragmentos. Para cada uno de los tres umbrales de detección fue calculada la distancia Euclidiana (parentezco) entre todas las posibles parejas de clones. Con los datos se generaron dendrogramas (UPGMA) y un análisis multivariado para conocer el agrupamiento de los clones (grado de parentezco). El análisis de agrupamiento permitió visualizar la separación de los clones 1, 5, 9, y 25 con respecto al resto de la colección, lo que sugiere su diferenciación genética o menor parentezco con el resto a la colección. Este resultado coincide con los obtenidos por medio del coeficiente de similitud de Jaccard, donde se obtuvo una baja relación genética entre algunos clones. Se observó que los clones 2, 4, 6, 8 y 11 están genéticamente muy relacionados entre sí, lo que sugiere cómo diseñar los subgrupos de apareamiento para la segunda generación de mejoramiento. Los valores de similitud de Jaccard más altos fueron del orden de 0,39 y registraron valores promedio para el colectivo de los 29 clones entre 0,24 y 0, 27. Esto indica que la colección de clones de melina estudiada, comparte aproximadamente un poco más de un 25% de sus elementos genéticos, que podría interpretarse como su grado de parentezco o consanguinidad. Los bajos valores de diversidad genética sugieren la necesidad ampliar la base genética del programa de mejoramiento genético que se desarrolla con la especie Gmelina arborea.