The present study main goal is to analyze the physicochemical and microbiological water parameters throughout the different stages of the pre-columbian aqueduct, and therefore, compare the results with those of the water supply systems operated by the local ASADA. The methodology consisted of identifying the aqueduct stages, water sampling at six different points within the aqueduct, and analysing the laboratory tests including field parameters, anions, cations, heavy metals and pesticides. It is unknown whether the pre-columbian aqueduct supplied water to ancient natives with the same quality as today; however, there is a great chance the physicochemical characteristics remain alike. The results indicate the pre-columbian aqueduct carries good water quality, and the detected high concentrations of iron and aluminum are most likely due to decline in infrastructure and inappropriate source collection. According to the analysis, the water comes from the same aquifer in both the pre-columbian aqueduct and the local water supply systems, and it is considered potable. Finally, no anthropogenic pollution within the pre-columbian aqueduct water was found, and the aqueduct still works properly preventing entry of pollutants into the system. The study highlights the importance of preserving the pre-columbian aqueduct of the Guayabo National Monument by the costa rican government.El presente estudio pionero, descriptivo-analítico, tiene como objetivo general realizar un acercamiento en el tiempo, para analizar las características fisicoquímicas y microbiológicas en el agua de las diferentes etapas del acueducto precolombino, desde las fuentes, tanques y el desfogue, y su comparación con la calidad de las aguas de los acueductos que abastecen actualmente a la comunidad de Guayabo. La metodología, se enfocó en una inspección para identificar las etapas del sistema, luego se realizaron tres muestreos en seis puntos diferentes del acueducto y se efectuaron los respectivos análisis de laboratorio incluyendo: parámetros de campo, aniones, cationes, metales pesados y plaguicidas. Es difícil comprobar si los indígenas consumían agua con exactamente las mismas características fisicoquímicas detectadas, sin embargo, existe la posibilidad de que se asemejaran bastante. Los resultados indican que el agua del acueducto precolombino es de buena calidad y que posiblemente el deterioro de la estructura y la inadecuada captación que presentan las nacientes, provocó algunos valores altos en las concentraciones de aluminio y hierro. No obstante, la comparación con los acueductos de la ASADA de la comunidad colonial, demuestra que las aguas son del mismo acuífero y el agua es de calidad potable. Por último, se determinó que en el agua del acueducto precolombino no existe contaminación antropogénica y que el canal subterráneo del agua entre los dos tanques continúa trabajando adecuadamente, impidiendo infiltración de contaminantes. Se recomienda al estado costarricense preservar el acueducto precolombino del Monumento Nacional Guayabo.