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Proposal for metabolic flux pathways comparison

Propuesta para la comparación de flujos metabólicos

dc.creatorArias-Méndez, Esteban
dc.creatorMontero-Marín, Alonso
dc.creatorTorres-Rojas, Francisco J.
dc.date2020-03-27
dc.date.accessioned2020-09-25T23:12:52Z
dc.date.available2020-09-25T23:12:52Z
dc.identifierhttps://revistas.tec.ac.cr/index.php/tec_marcha/article/view/5072
dc.identifier10.18845/tm.v33i5.5072
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/2238/12066
dc.descriptionMetabolic flux pathway analysis can provide important information for a better understanding of life and all its processes directly benefiting areas like medicine, agronomy, pharmacy and others alike. Some of the main tools used to study and analyze metabolic pathways have been based on the idea of pathway comparison, using graph data structures. Some of those tasks are considered hard computational problems. On the other hand, those comparisons have not yet taken into consideration the metabolic flux as part of the pathway or metabolic process. It means, to consider how much of a metabolite passes through a reaction system over time. We propose here a simple way to compare metabolic pathways using its related flux information by a simple metabolic pathway comparison method introduced in 2017 and adjusting it to weighted graphs. The algorithms analyze the associated weighted graphs of metabolic flux pathways and provide a fast scoring of its flux similarities in the first place and a list of similarities and differences between the given flux pathways, listed as pathways. We provide some insights into the analysis follow to get a good score system when comparing metabolic pathways related weighted graphs in a low-cost computation.en-US
dc.descriptionEl análisis de flujos metabólicos puede proporcionar información importante para una mejor comprensión de la vida y todos sus procesos, beneficiando directamente a áreas como la medicina, la agronomía, la farmacia y otras. Algunas de las principales herramientas utilizadas para estudiar y analizar las rutas metabólicas se han basado en la idea de la comparación de rutas metabólicas, utilizando estructuras de datos como grafos. Algunas de esas tareas se consideran problemas computacionales difíciles. Por otro lado, esas comparaciones aún no han tenido en cuenta el flujo metabólico como parte de la vía o proceso metabólico. Es decir, considerar cuánta cantidad de un metabolito pasa a través de un sistema de reacción con el tiempo. Proponemos aquí una forma simple de comparar rutas metabólicas utilizando su información de flujo relacionada mediante un método simple de comparación de rutas metabólicas introducido en 2017 y ajustándolo a grafos ponderados. Los algoritmos analizan los grafos ponderados asociados de las rutas de flujo metabólico y proporcionan una puntuación rápida de sus similitudes de flujo en primer lugar y una lista de similitudes y diferencias entre las rutas de flujo dadas, enumeradas como rutas. Proporcionamos algunas ideas sobre el análisis a continuación para obtener un buen sistema de puntuación al comparar grafos ponderados relacionados con las rutas metabólicas en un cálculo de bajo costo.es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherEditorial Tecnológica de Costa Rica (entidad editora)es-ES
dc.relationhttps://revistas.tec.ac.cr/index.php/tec_marcha/article/view/5072/4794
dc.sourceTecnología en marcha Journal; 2020: Vol. 33 especial. Contribuciones a la Conferencia 6th Latin America High Performance Computing Conference (CARLA); Pág. 31-37en-US
dc.sourceRevista Tecnología en Marcha; 2020: Vol. 33 especial. Contribuciones a la Conferencia 6th Latin America High Performance Computing Conference (CARLA); Pág. 31-37es-ES
dc.source2215-3241
dc.source0379-3982
dc.subjectGraph traversalen-US
dc.subjectweighted graphsen-US
dc.subjectNeedleman-Wunsch algorithmen-US
dc.subjectglobal alignmenten-US
dc.subjectSmith-Waterman algorithmen-US
dc.subjectlocal alignment.en-US
dc.subjectgrafos ponderadoses-ES
dc.subjectalgoritmo Needleman-Wunsches-ES
dc.subjectalineamiento globales-ES
dc.subjectalgoritmo Smith-Watermanes-ES
dc.subjectalineamiento locales-ES
dc.subjectRecorrido de grafoses-ES
dc.titleProposal for metabolic flux pathways comparisonen-US
dc.titlePropuesta para la comparación de flujos metabólicoses-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


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