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A Biocomputational Platform for Template-based Protein-protein Docking

Plataforma computacional de acoplamiento de proteínas basado en plantillas

dc.creatorRomán-Brenes, Ricardo
dc.creatorSiles-Canales, Francisco
dc.creatorZamora-Mata, Daniel
dc.date2020-03-27
dc.date.accessioned2020-09-25T23:12:53Z
dc.date.available2020-09-25T23:12:53Z
dc.identifierhttps://revistas.tec.ac.cr/index.php/tec_marcha/article/view/5084
dc.identifier10.18845/tm.v33i5.5084
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/2238/12077
dc.descriptionWe propose the creation of a Biocomputational Platform for template-based protein-protein docking that aims reduce computational time by clustering data before the rigid body alignment. Using data from the Dockground project, models will be created using multiple clustering methods that will annotated each protein into a class, such that when performing the match search, not all of the databank needs to be inspected but just the class that resembles the most to the studied protein. This will reduce the time that conformation matching requires without incurring in lower precision.en-US
dc.descriptionSe propone la creación de una Plataforma Biocomputacional para el acoplamiento de proteínas que reduce el tiempo computacional al agrupar los datos previo al alineamiento de cuerpos rígidos. Utilizando datos del proyecto Dockground, se crearán modelos usando múltiples métodos de agrupación que asignarán cada proteína a un grupo para que, al realizar la búsqueda de pares, no se realice una búsqueda a fuerza bruta, sino una acotada. Esto reducirá el tiempo que requiere una conformación en ser procesada sin perder precisión.es-ES
dc.formatapplication/pdf
dc.languageeng
dc.publisherEditorial Tecnológica de Costa Rica (entidad editora)es-ES
dc.relationhttps://revistas.tec.ac.cr/index.php/tec_marcha/article/view/5084/4805
dc.sourceTecnología en marcha Journal; 2020: Vol. 33 especial. Contribuciones a la Conferencia 6th Latin America High Performance Computing Conference (CARLA); Pág. 96-100en-US
dc.sourceRevista Tecnología en Marcha; 2020: Vol. 33 especial. Contribuciones a la Conferencia 6th Latin America High Performance Computing Conference (CARLA); Pág. 96-100es-ES
dc.source2215-3241
dc.source0379-3982
dc.subjectClusteringen-US
dc.subjectprotein-protein dockingen-US
dc.subjecttemplate-based dockingen-US
dc.subjectHPCen-US
dc.subjectAgrupamientoes-ES
dc.subjectacoplamiento de proteínases-ES
dc.subjectAcoplamiento basado en plantillases-ES
dc.subjectHPCes-ES
dc.titleA Biocomputational Platform for Template-based Protein-protein Dockingen-US
dc.titlePlataforma computacional de acoplamiento de proteínas basado en plantillases-ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/article
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion


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