Universities are highly dependent on regulatory frameworks, the geographical setting as well as on requirements for the creation of the different outputs they pursue. As a result, universities are heterogeneous organizations. This study analyses universities’ heterogeneity in Spain. By using a dataset from the Spanish higher education system, we model the objective function of universities and investigate which factors help explain universities’ performance, in terms of the three missions that they mostly perform (teaching, research and technology transfer). Also, a cluster analysis is performed to categorise Spanish universities. The findings contribute to better understand the different behaviours shown by universities. The findings underline the heterogeneity of Spanish universities: while some universities focus more on formation (teaching) goals, other universities excel at disseminating knowledge through different scientific outputs. The study concludes with a detailed inter- and intra- group analysis.Las universidades dependen en gran medida de los marcos regulatorios, la visión estratégica y del contexto geográfico. Consecuencia de esto, las universidades son claramente organizaciones heterogéneas. Este estudio analiza la heterogeneidad de las universidades en España. Utilizando datos del sistema universitario español se propone la formulación de la función objetivo de las universidades y se investiga qué factores ayudan a explicar el desempeño de las universidades en términos de las tres misiones que realizan principalmente (enseñanza, investigación y transferencia de tecnología). El estudio se acompaña de un análisis de clústeres en el que se caracterizan distintas tipologías de universidades. Los resultados obtenidos ayudan a comprender mejor los diferentes comportamientos mostrados por las universidades. En concreto, los resultados subrayan la heterogeneidad del sistema universitario español: mientras que algunas universidades se centran más en los objetivos de formación (enseñanza), otras universidades destacan por sus actividades de investigación y transferencia. El estudio concluye con un análisis detallado inter- e intra-grupo.