La competitividad de las universidades en los entornos actuales depende, en gran medida, de que oferten productos y servicios de calidad. La satisfacción de este requisito precisa que estas lleven a cabo ejercicios de autoevaluación, a través de los cuales puedan conocer el nivel de calidad con el que sus titulaciones están siendo ofertadas en el mercado. Y la realización de estas autoevaluaciones está basada en marcos de trabajo que constituyen modelos de referencia con los que dichos títulos son comparados. Si las universidades pretenden ofrecer títulos de calidad, dichos modelos han de considerar, explícitamente, todos aquellos elementos necesarios para que el proceso de enseñanza-aprendizaje se lleve a cabo correctamente. Entre estos elementos se encuentran las variables de diseño organizativo. Por tanto, el tratamiento exhaustivo y adecuado de las variables de diseño organizativo en estos modelos de referencia es condición necesaria para que dichos títulos puedan ofrecerse con un elevado nivel de calidad. Con este trabajo, pretendemos analizar el modo en que los modelos del SINAES y de la ANECA tratan el diseño organizativo, derivando este análisis en una serie de implicaciones y recomendaciones que pueden resultar de utilidad para la mejora y el enriquecimiento de estos.