En las últimas décadas se ha experimentado un auge en la investigación y en la aplicación de técnicas de control biológico de plagas y enfermedades agrícolas. La penetración de este tipo de tecnologías de producción se ve reflejada en los cambios observados en el mercado global de bioplaguicidas. La investigación sobre los agentes de control biológico (ACB) y la aparición de empresas y productos basados en microorganismos parecen reafirmar esta tendencia. El objetivo de esta publicación es analizar, con un enfoque de desarrollo sostenible, la reciente introducción del control microbiológico de plagas y enfermedades en la agricultura centroamericana. Se discute sobre los efectos de la expansión del uso de estas tecnologías en los ámbitos social, económico y ambiental. Se enumera una serie de retos que los diversos actores y sectores vinculados deben enfrentar si desean lograr que esta sea una tecnología inclusiva, eficiente y competitiva. Se concluye que, aunque el control microbiológico aún se encuentra en desarrollo, se puede convertir en una opción para transformar nuestros sistemas agrícolas altamente dependientes de insumos sintéticos en sistemas productivos sostenibles.