En el presente artículo se presenta un análisis estadístico-matemático de los puntos de muestreo y de las repeticiones que se deben realizar durante el año en un estudio sobre la calidad de agua en la cuenca del río San Carlos. Con el fin de lograr mayor precisión metodologica en el análisis, se realiza post hoc, es decir que los análisis de los datos se realizaron posteriormente a la toma de los datos en un período de dos años (1998 a 2000) durante la realización del Proyecto. Al desarrollar estos análisis estadísticos se determina, de acuerdo con la pruebas de homogeneidad y de Duncan, que se puede reducir de trece a seis el número de puntos de muestreo y se sigue teniendo la misma información de la cuenca. Además, también se puede reducir el número de muestreos por año, pues hay meses que estadísticamente son idénticos.