El hongo fitopatógeno Mycosphaerella fijiensis constituye el organismo causal de la enfermedad conocida como sigatoka negra, la cual afecta considerablemente los cultivos de banano, al promover la pérdida general de tejido foliar. La agresividad diferencial observada por parte de dicho organismo, dependiendo de la región productora, permite suponer la existencia de razas o biotipos del patógeno, lo cual únicamente podrá ser corroborado mediante el empleo de técnicas moleculares. Se validó una metodología para la extracción del ácido desoxirribonucleico (ADN) del hongo en mención, a partir de aislamientos provenientes de cinco fincas ubicadas en la Zona Atlántica y Norte de Costa Rica. La realización de las extracciones se ejecutó a destiempo en 5 bloques, con el fin de definir las variables involucradas en tal proceso. Los productos se visualizaron en un transiluminador ultravioleta luego de su separación por electroforesis en geles de agarosa. Las bandas obtenidas demostraron la presencia de ácidos nucleicos; no obstante, la cantidad de estos varió significativamente entre los bloques de extracción. El desarrollo de esta metodología permitió el establecimiento de una base de datos de ADN proveniente de los diferentes aislamientos analizados, que podrá ser empleada posteriormente en estudios que involucren marcadores moleculares.