Desarrollo de una aplicación bioinformática mediante r-shiny para el monitoreo y análisis bioestadístico de casos de intoxicación reportados al Centro Nacional de Control de Intoxicaciones de Costa Rica

Abstract

Daily, huge amounts of data are generated. By using bioinformatics tools and statistics those could be transformed into valuable information useful for decision making. This project pretends to develop a bioinformatics application to dynamically visualize and analyze data from Centro Nacional de Control de Intoxicaciones from Costa Rica with specific statistic methods: the funnel plot and Poisson regression. The previous, will facilitate the campaign and strategy planning to reduce the intoxications in Costa Rica. The results may vary depending of the user definition of variables. Nevertheless, the funnel plot can show the cities in which the intoxication rate is beyond the confidence intervals. Poisson regression, by the other hand, can help identify variables that are related with the increase or decrease in the number of intoxication cases reported every year. Statistics to determine the validity of the Poisson model are also available to consider if the model has to be adjusted or discarded. Finally, the creation of a web interface was achieved, with the desired statistical tests, which will simplify the decision making for the Centro Nacional de Control de Intoxicaciones based on a dynamic analysis on the intoxications in Costa Rica.

Día a día se genera gran cantidad de datos. Los cuales mediante el uso de herramientas bioinformáticas y estadísticas pueden convertirse en información para la toma de decisiones. Este trabajo pretende desarrollar una herramienta bioinformática para visualizar y analizar dinámicamente los datos generados por el Centro Nacional de Control de Intoxicaciones de Costa Rica mediante estadísticas específicas: el gráfico de embudo y la regresión de Poisson. Lo anterior facilitará al personal del centro la planificación de compañas u otras estrategias dirigidas a la disminución de las intoxicaciones en Costa Rica. Los resultados pueden variar según la definición del usuario. Sin embargo, el gráfico de embudo puede mostrar cantones en los que se presentan tasas de intoxicación fuera de los límites de control. La regresión de Poisson por otro lado, puede mostrar variables que están relacionadas al aumento o disminución de los números de intoxicaciones reportados cada año. Además se presentan estadísticas para determinar si el modelo generado es válido, si debe de ser modificado o descartado. Finalmente, se logró crear una interfaz web, con las estadísticas deseadas, que facilitará la toma de decisiones en el Centro Nacional de Control de Intoxicaciones de Costa Rica de acuerdo a un análisis dinámico de los datos sobre intoxicaciones en Costa Rica.