Para comprender mejor la vida y sus procesos, las rutas metabólicas proveen información útil para el mejoramiento de la medicina, agronomía, farmacia y otras. Las herramientas principales usadas para estudiar estas rutas están basadas en la idea de la comparación de rutas usando estructuras de datos tipo grafos. La comparación de grafos ha sido definida como computacionalmente costosa. Se proponen dos formas diferentes que simplifican el problema de la comparación de rutas representadas como grafos. El primer algoritmo consiste en la transformación de los grafos a comparar, de estructuras en 2 dimensiones a estructuras lineales, para posteriormente alinear dichas estructuras usando algoritmos clásicos de alineamiento. El segundo algoritmo consiste en realizar una comparación basada en pares de metabolitos reaccionantes, eliminando de los grafos los pares iguales, para mostrar al final las reacciones entre metabolitos diferentes entre cada ruta metabólica. Nuestros resultados muestran buena evidencia de un mecanismo rápido, simple y efectivo para el problema descrito.