Den3D es una herramienta basada en tecnologías web, multiplataforma y multiusuario para crear, visualizar, editar y analizar taxonomías biológicas. Den3D implementa un mecanismo visual y lúdico para generar y analizar conocimiento sobre la biodiversidad. La estructura jerárquica de las taxonomías se maneja en un entorno tridimensional utilizando árboles de conos. Describimos Den3D y su potencial para apoyar actividades educativas en el contexto de un enfoque de bioalfabetización. El objetivo de aplicar Den3D en el aula es ayudar a fomentar una mejor comprensión de los atributos y las relaciones entre las especies de organismos, y promover la apreciación y el respeto por la naturaleza viva y su conservación.