Desarrollo de recursos genómicos en Tectona grandis. Fase II, secuenciación del genoma y búsqueda de marcadores SNPs para su utilización en mejoramiento genético
Date
2023-12Author
Murillo-Gamboa, Olman
Jiménez-Madrigal, Jose Pablo
Metadata
Show full item recordAbstract
Tectona grandis es una de las principales especies maderables del mundo; debido
a su belleza, resistencia y durabilidad. Ha sido sujeta de mejoramiento genético con
el propósito de incrementar su productividad y calidad en plantación. El uso de
marcadores genéticos convencionales no permite su relación directa con rasgos de
importancia económica. Las nuevas técnicas de secuenciación molecular permiten
utilizar información directa del código genético en la identificación de individuos
superiores y análisis poblacional. Esto permitiría acortar los ciclos de selección y
desarrollo de nuevas generaciones de mejoramiento, actualmente 8-10 años. El
proyecto tuvo como propósito desarrollar recursos genómicos en teca para su
aplicación en el mejoramiento genético. Como primer paso se secuenció y ensambló
el genoma completo de teca. Asimismo, se utilizó una técnica de reducción de la
complejidad para secuenciar una colección de 35 árboles plus, de GENFORES
(Cooperativa de mejoramiento genético forestal, Escuela de Ingeniería Forestal). De
esta secuenciación de baja representación se identificaron variantes puntuales
(SNPs), en particular 10 816 loci polimórficos. Luego, se realizó un análisis de
asociación genómica (GWAS), resultando en 43 SNPs relacionados de manera
positiva con rasgos de interés, como: diámetro, volumen comercial, peso específico
de la madera, proporción de duramen, calidad del árbol y color del duramen. Más
aún, los valores de predicción genómica oscilaron entre un 50 y 60% de probabilidad
de certeza. Estos primeros resultados auguran una alta probabilidad de selección
genómica temprana de genotipos élite de teca.
Description
Proyecto de investigación (Código: CF 1401-083) Instituto Tecnológico de Costa Rica. Escuela de Ingeniería Forestal, Escuela de Ciencias Naturales y Exactas, 2023