Expression analysis of microarray data for identification of expression patterns related to thermodormancy between two varieties of lettuce (Lactuca sativa and Lactuca serriola)

Abstract

Termodormancia es un proceso que afecta el cultivo de lechuga e incrementa los costos de producción debido a tratamientos necesarios para lograr la germinación de la semilla. A causa de esto, es necesario entender los factores involucrados en la termodormancia de este cultivo. Estudios del transcriptoma a través del análisis de microarreglos es un método para lograr entender y encontrar genes involucrados con este fenómeno. Datos generados de microarreglos fueron analizados utilizando diferentes técnicas para filtrar genes en busca de significancia biológica relacionado con termotolerancia. Analizando dos variedades de lechuga (Lactuca sativa var Salinas y Lactuca serriola) 63 genes candidatos fueron encontrados que pueden ser fundamentales en la regulación de la termodormancia. Estos genes están relacionados con el metabolismo, señalización y respuesta a ABA, GA y etileno, estos genes deberán ser estudiados posteriormente para determinar su relación y función en la termodormancia.

Thermodormancy is a phenomenon that affects lettuce seed and increase the productions cost due to specific treatments needed to overcome germination. Because of this, is important to understand the main factors involved in the establishment and maintaining of thermodormancy in this crop. To achieve this goal a wide research of the transcriptome using the microarray analysis is needed to find candidate genes related with thermodormancy. Data from this experiment was analyzed using several approaches to filter the genes looking for biological significance related with thermotolerance. Through the analysis of two varieties of lettuce (Lactuca sativa var Salinas and Lactuca serriola) were able to find 63 candidate genes that can play an important role. These genes are related with metabolism, regulation or response of the plant hormones ABA, GA and ethylene and should be taken in further investigations to determine their specific function in germination.