El estudio de nanopart ́ıculas presentes en manglares es una avenida de conocimiento que permi- tira ́ en un futuro entender mucho mejor los mecanismos de filtrado de contaminantes en el agua de manglar. El Labo- ratorio Nacional de Nanotecnolog ́ıa (LANOTEC) captura cientos de ima ́genes de nanopart ́ıculas por medio de un microscopio de fuerza ato ́mica. A partir de estas ima ́genes se puede obtener una caracterizacio ́n de las part ́ıculas mi- diendo su nu ́mero, concentracio ́n, distribucio ́n de taman ̃o y morfolog ́ıa.Actualmentelasmedicionessehacendeforma manual, sin embargo dado el alto nu ́mero de ima ́genes capturadas la necesidad de automatizar parte del proceso es imperante. Este estudio propone acelerar parte del flujo de trabajo por medio de la clasificacio ́n automatizada de part ́ıculas utilizando algoritmos de clasificacio ́n espectral disponibles en la plataforma ENVI 5.1. Los mejores resultados de clasificacio ́n, reportando precisiones de ma ́s del 92% en la separacio ́n de part ́ıculas del fondo, los presentaron los algoritmos no supervisados K-Means e ISO-DATA.