Optimización de la detección de cantidad, ancho y posición de bandas en imágenes de geles de electroforesis.

Abstract

En este documento se propone una mejora al proceso de detección de bandas en geles de electroforesis, utilizadas para la caracterización de patrones de ADN a nivel molecular. La caracterización de bandas en geles de electroforesis puede presentar el inconveniente de que la resolución y contraste de la imagen no sean adecuados para la determinación de la posición y el ancho de las bandas, por lo que una herramienta computacional constituye una ayuda al profesional analista de los datos. El enfoque de este trabajo es la caracterización de las bandas ubicadas en carriles de electroforesis, de forma que el proceso pueda realizarse de manera automática, sin necesidad de la intervención del usuario para obtener aproximaciones iniciales. El algoritmo parte de la imagen de un carril al cual se le realiza una estimación inicial de la desviación estándar utilizando el espacio de escalas y con la segunda derivada se calcula la posición inicial de las bandas en dicho carril. La evaluación iterativa de una función objetivo con estos parámetros iniciales permite mejorar la aproximación de la desviación estándar, con cuyo valor, se itera nuevamente utilizando el optimizador Downhill Simplex para mejorar los parámetros restantes, amplitud y posición, para cada banda.