Validación de protocolo de PCR multiplex con microsatélites para Melina (Gmelina arborea Roxb.)

Abstract

Gmelina arborea Roxb. (melina) es la segunda especie más utilizada en reforestación en Costa Rica y parte del programa de mejoramiento genético de la cooperativa internacional de mejoramiento genético forestal GENFORES. Se requiere adoptar y mejorar herramientas biotecnológicas que garanticen la identidad del material clonal con el que trabajan. Con melina no existe un protocolo verificado de PCR multiplex con microsatélites que permita caracterizar una población, por lo que esta investigación tiene como objetivo validar el protocolo con marcadores moleculares SSR con base en una colección de 100 genotipos de melina de GENFORES. El ADN fue extraído mediante el método CTAB, amplificado con el PCR multiplex, donde previamente se había organizado dos grupos de cinco microsatélites cada uno, para finalmente correr y una electroforesis capilar. La información fue analizada mediante el software GenAlEx. El 100% de loci se determinó como polimórficos, se genotipó a todos los individuos y se analizó la diversidad genética por microsatélite. Se registró una heteregocidad observada y esperada de 0,67 y 0,71 respectivamente, con una tasa de exclusión de PE1=0,999, PE2=0,980 y PE3=0,999. El protocolo de PCR multiplex permite ahorrar tiempo y recursos en la caracterización y genotipado molecular de poblaciones de melina.

Gmelina arborea Roxb. (melina) is the second most used species in reforestation in Costa Rica and part of the genetic improvement program of the international forest genetic improvement cooperative GENFORES. Therefore, it is necessary to adopt and improve biotechnological tools that guarantee the identity of the clonal material with which they work. With melina there is no verified protocol of multiplex PCR with microsatellites that allows characterizing a population, so this research aims to validate the protocol with SSR molecular markers based on a collection of 100 genotypes of melina from GENFORES. The DNA was extracted by the CTAB method, amplified with multiplex PCR, where two groups of five microsatellites each one had previously been organized, to finally run and capillary electrophoresis. The information was analyzed using the GenAlEx software. 100% of loci were determined to be polymorphic, all individuals were genotyped and genetic diversity was analyzed by microsatellite. An observed and expected heteroegocity of 0.67 and 0.71 respectively was recorded, with an exclusion rate of PE1=0.999, PE2=0.980 and PE3=0.999. The multiplex PCR protocol saves time and resources in the characterization and molecular genotyping of melina populations.